Theo Sắc lệnh của Chủ tịch Hồ Chí Minh ngày 15 tháng 10 năm 1945, toàn quốc được phân chia lại thành 9 chiến khu như sau[2]:

Bắc Bộ

Gồm 3 chiến khu:

• Khu 1 gồm 13 tỉnh: Lào Cai, Hà Giang, Cao Bằng, Lạng Sơn, Bắc Cạn, Bắc Giang, Bắc Ninh, Thái Nguyên, Tuyên Quang, Yên Bái, Phú Thọ, Vĩnh Yên, Phúc Yên.
• Khu 2 gồm 8 tỉnh, thành: Lai Châu, Sơn La, Hòa Bình, Hà Nội, Sơn Tây, Hà Đông, Nam Định, Ninh Bình.
• Khu 3 gồm 8 tỉnh, thành: Hưng Yên, Hải Dương, Thái Bình, Kiến An, Quảng Yên, Hải Ninh, Hải Phòng.

Trung Bộ

Gồm 3 chiến khu:

• Khu 4 gồm 6 tỉnh: Thanh Hóa, Nghệ An, Hà Tĩnh, Quảng Bình, Quảng Trị, Thừa Thiên.
• Khu 5 gồm 5 tỉnh: Quảng Nam, Quảng Ngãi, Bình Định, Kon Tum, Gia Lai.
• Khu 6 có 6 tỉnh: Phú Yên, Khánh Hòa, Ninh Thuận, Đắc Lắc, Lâm Viên, Đồng Nai Thượng.

Nam Bộ

Gồm 3 chiến khu:

• Khu 7 có 7 tỉnh, thành: Thủ Dầu Một, Biên Hòa, Tây Ninh, Gia Định, Chợ Lớn, Sài Gòn, Bà Rịa[3].
• Khu 8 có 5 tỉnh: Tân An, Mỹ Tho, Gò Công, Bến Tre, Sa Đéc.
• Khu 9 có 9 tỉnh: Châu Đốc, Hà Tiên, Long Xuyên, Rạch Giá, Bạc Liêu, Trà Vinh, Vĩnh Long, Cần Thơ, Sóc Trăng.

Do điều kiện chiến tranh, liên lạc khó khăn do chiến sự đã lan đến địa bàn khu 6, chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa chỉ mới bổ nhiệm các nhân sự của các chiến khu 1, 2, 3, 4:

• Khu 1 do ông Lê Quảng Ba làm Khu trưởng, Tạ Xuân Thu làm Chính trị ủy viên.
• Khu 2 do ông Hoàng Sâm làm Khu trưởng, Văn Tiến Dũng làm Chính trị ủy viên.
• Khu 3 do ông Hoàng Minh Thảo làm Khu trưởng, Lê Quang Hòa là Chính trị ủy viên.
• Khu 4 do ông Lê Thiết Hùng làm Khu trưởng, Hồ Tùng Mậu làm Chính trị ủy viên.

Các chiến khu khác chưa nhận được chỉ thị của chính phủ, nên chính phủ đã cử ông Nguyễn Bình làm Đặc phái viên vào Nam Bộ để truyền đạt mệnh lệnh. Đến tháng 12 năm 1945, ông Nguyễn Sơn được cử làm Chủ tịch Ủy ban kháng chiến hành chính Miền Nam Việt Nam, kiêm quản cả khu 5 và 6. Ngày 10 tháng 12 năm 1945, tại Hội nghị quân sự Nam Bộ do Xứ ủy Nam Bộ tổ chức tại xã Bình Hòa Nam, huyện Đức Hòa, tỉnh Chợ Lớn, Đặc phái viên Nguyễn Bình đã truyền đạt chỉ thị thành lập các chiến khu. Hội nghị cũng bầu ra nhân sự cho các chiến khu Nam Bộ:

• Khu 7 do ông Nguyễn Bình làm Khu trưởng, Trần Xuân Độ làm Chính trị ủy viên[3].
• Khu 8 do ông Đào Văn Trường làm Khu trưởng, Võ Sĩ làm Chính trị ủy viên[4].
• Khu 9 do ông Hoàng Đình Giong làm Khu trưởng, Phan Trọng Tuệ là Chính trị ủy viên[4].

Do ở xa trung ương, nên 3 chiến khu 7, 8, 9 được đặt dưới quyền chỉ đạo trực tiếp của Xứ ủy Nam Bộ và Ủy ban Kháng chiến Nam Bộ chỉ đạo. Ông Lê Duẩn được chỉ định lãnh đạo chung.